Spoiler:
Cesena
Nel 2002-2003, in serie C1, è alla guida del Cesena, con cui sfiora la promozione in Serie B.
Vicenza
Nell'estate del 2003 si accasa al Vicenza, con una rosa di giovani debuttanti in Serie B, che guida verso la salvezza.
Piacenza
Nel 2004 torna al Piacenza, come allenatore della prima squadra. Con i piacentini debutta in panchina nella Serie B 2004-2005 e conclude la stagione con un nono posto che gli vale la conferma per la stagione successiva. L'annata successiva questa volta si conclude a metà classifica, con il dodicesimo posto.
L'exploit del tecnico ascolano si registra nella stagione 2006-2007: la squadra disputa un campionato di alto livello nel quale riesce a raggiungere anche la vetta della classifica e conclude con un quarto posto.
Chievo
Per la stagione 2007-2008 viene scelto dal retrocesso Chievo, in sostituzione di Luigi Delneri, con il quale conquista la promozione in Serie A il 25 maggio 2008, concludendo il campionato con il record di 85 punti.
Per affrontare la massima serie la società veneta decide di puntare sul blocco che ha vinto il torneo cadetto. Il rendimento è negativo con soli sei punti in 10 giornate.
Il 4 novembre 2008, dopo la sconfitta per 3-0 a opera del Palermo, Iachini viene sollevato dall'incarico e sostituito da Domenico Di Carlo.
Brescia
Il 4 ottobre 2009 il Brescia, dopo la sconfitta in casa con il Vicenza all'8ª giornata di campionato, lo sceglie come sostituto dell'esonerato Alberto Cavasin.L'avventura bresciana di Iachini inizia in maniera un po' titubante, ma poi il Brescia disputa un ottimo girone di ritorno: le rondinelle concludono al terzo posto qualificandosi ai play-off. Iachini conquista la promozione in Serie A grazie al successo del Rigamonti contro il Torino.
Il 6 dicembre 2010 viene esonerato dalla guida del Brescia. Dall'inizio del campionato aveva collezionato 3 vittorie, 3 pareggi e 9 sconfitte.
Il 30 gennaio 2011 viene richiamato ad allenare il Brescia dopo la sostituzione di Mario Beretta.A fine stagione la squadra retrocede in Serie B e successivamente non viene confermato alla guida tecnica per la nuova annata; ha totalizzato 26 punti in 31 partite con i lombardi.
Sampdoria
Il 14 novembre 2011 viene ingaggiato alla Sampdoria, retrocessa in Serie B, subentrando all'esonerato Gianluca Atzori e firmando un contratto sino a fine stagione con opzione per un altro anno in caso di promozione in Serie A. Riesce a rimontare diverse posizioni in campionato, guadagnando 45 punti contro i 22 della gestione precedente, raggiungendo il 6º posto valido per i play-off e ottenendo la promozione in Serie A dopo aver superato il Sassuolo in semifinale e il Varese in finale; la Sampdoria è l'unica squadra della storia del calcio italiano a vincere i play-off di Serie B partendo dal 6º posto, che allora era l'ultimo piazzamento valido per la disputa degli spareggi.
Nonostante la promozione e il rinnovo, il 1º luglio 2012 viene sostituito da Ciro Ferrara.
Siena
Il 17 dicembre 2012, dopo la 17ª giornata di campionato e con la squadra all'ultimo posto viene nominato nuovo tecnico del Siena, in sostituzione di Serse Cosmi.Il debutto arriva nella partita casalinga persa per 2-0 contro il Napoli. A una giornata dalla fine del torneo la squadra retrocede in Serie B: Iachini non viene confermato alla guida del club toscano per la stagione successiva.
Palermo
Il 25 settembre 2013 diviene allenatore del Palermo. Riesce a conquistare la promozione con cinque turni d'anticipo, vincendo congiuntamente anche il campionato: per Iachini si tratta della quarta promozione in massima serie ottenuta in carriera e la seconda Coppa Ali della Vittoria (record), con 86 punti in campionato, record storico assoluto.
La stagione seguente, col ritorno dei rosanero in Serie A, disputa un'onorevole stagione, portando la squadra alla salvezza e all'undicesimo posto, con un suo record personale di 49 punti. Per il trainer marchigiano si tratta della sua prima annata interamente disputata su una panchina della massima serie. È anche il primo e unico allenatore della gestione Zamparini con più duratura alla guida tecnica.
La stagione successiva sembra iniziare bene, ma dopo le prime due partite, la squadra perde di convinzione e lucidità, riuscendo a conquistare solo cinque punti in dieci giornata. Il 10 novembre, viene sollevato dall'incarico e sostituito da Davide Ballardini.Venne poi richiamato ad allenare la prima squadra con il suo staff il 15 febbraio 2016.L'8 marzo 2016 si dimise da allenatore del Palermo, per delle divergenze tecniche avute con il presidente Maurizio Zamparini.
Udinese
Il 19 maggio dello stesso anno diventa nuovo allenatore dell'Udinese, sostituendo Luigi De Canio e sottoscrivendo un contratto biennale con i friulani.
2 ottobre, a seguito della sconfitta casalinga per 0-3 contro la Lazio, viene esonerato e gli subentra Luigi Delneri.
Sassuolo
Dopo un anno di inattività, il 27 novembre 2017 diventa allenatore del Sassuolo, per prendere il posto dell'esonerato Cristian Bucchi. Con due partite d'anticipo, nel girone di ritorno, conduce la squadra aritmeticamente alla salvezza e, in classifica finale, si piazza in 11ª posizione con 43 punti.
Empoli
Il 6 novembre 2018 viene ufficializzato l'incarico come tecnico dell'Empoli, terz’ultimo in Serie A con 6 punti.
Il 13 marzo 2019 l'Empoli annuncia il suo esonero con la squadra al quart'ultimo posto, avendo collezionato 16 punti in 16 partite, frutto di 4 vittorie, 4 pareggi e 8 sconfitte.
Nel 2002-2003, in serie C1, è alla guida del Cesena, con cui sfiora la promozione in Serie B.
Vicenza
Nell'estate del 2003 si accasa al Vicenza, con una rosa di giovani debuttanti in Serie B, che guida verso la salvezza.
Piacenza
Nel 2004 torna al Piacenza, come allenatore della prima squadra. Con i piacentini debutta in panchina nella Serie B 2004-2005 e conclude la stagione con un nono posto che gli vale la conferma per la stagione successiva. L'annata successiva questa volta si conclude a metà classifica, con il dodicesimo posto.
L'exploit del tecnico ascolano si registra nella stagione 2006-2007: la squadra disputa un campionato di alto livello nel quale riesce a raggiungere anche la vetta della classifica e conclude con un quarto posto.
Chievo
Per la stagione 2007-2008 viene scelto dal retrocesso Chievo, in sostituzione di Luigi Delneri, con il quale conquista la promozione in Serie A il 25 maggio 2008, concludendo il campionato con il record di 85 punti.
Per affrontare la massima serie la società veneta decide di puntare sul blocco che ha vinto il torneo cadetto. Il rendimento è negativo con soli sei punti in 10 giornate.
Il 4 novembre 2008, dopo la sconfitta per 3-0 a opera del Palermo, Iachini viene sollevato dall'incarico e sostituito da Domenico Di Carlo.
Brescia
Il 4 ottobre 2009 il Brescia, dopo la sconfitta in casa con il Vicenza all'8ª giornata di campionato, lo sceglie come sostituto dell'esonerato Alberto Cavasin.L'avventura bresciana di Iachini inizia in maniera un po' titubante, ma poi il Brescia disputa un ottimo girone di ritorno: le rondinelle concludono al terzo posto qualificandosi ai play-off. Iachini conquista la promozione in Serie A grazie al successo del Rigamonti contro il Torino.
Il 6 dicembre 2010 viene esonerato dalla guida del Brescia. Dall'inizio del campionato aveva collezionato 3 vittorie, 3 pareggi e 9 sconfitte.
Il 30 gennaio 2011 viene richiamato ad allenare il Brescia dopo la sostituzione di Mario Beretta.A fine stagione la squadra retrocede in Serie B e successivamente non viene confermato alla guida tecnica per la nuova annata; ha totalizzato 26 punti in 31 partite con i lombardi.
Sampdoria
Il 14 novembre 2011 viene ingaggiato alla Sampdoria, retrocessa in Serie B, subentrando all'esonerato Gianluca Atzori e firmando un contratto sino a fine stagione con opzione per un altro anno in caso di promozione in Serie A. Riesce a rimontare diverse posizioni in campionato, guadagnando 45 punti contro i 22 della gestione precedente, raggiungendo il 6º posto valido per i play-off e ottenendo la promozione in Serie A dopo aver superato il Sassuolo in semifinale e il Varese in finale; la Sampdoria è l'unica squadra della storia del calcio italiano a vincere i play-off di Serie B partendo dal 6º posto, che allora era l'ultimo piazzamento valido per la disputa degli spareggi.
Nonostante la promozione e il rinnovo, il 1º luglio 2012 viene sostituito da Ciro Ferrara.
Siena
Il 17 dicembre 2012, dopo la 17ª giornata di campionato e con la squadra all'ultimo posto viene nominato nuovo tecnico del Siena, in sostituzione di Serse Cosmi.Il debutto arriva nella partita casalinga persa per 2-0 contro il Napoli. A una giornata dalla fine del torneo la squadra retrocede in Serie B: Iachini non viene confermato alla guida del club toscano per la stagione successiva.
Palermo
Il 25 settembre 2013 diviene allenatore del Palermo. Riesce a conquistare la promozione con cinque turni d'anticipo, vincendo congiuntamente anche il campionato: per Iachini si tratta della quarta promozione in massima serie ottenuta in carriera e la seconda Coppa Ali della Vittoria (record), con 86 punti in campionato, record storico assoluto.
La stagione seguente, col ritorno dei rosanero in Serie A, disputa un'onorevole stagione, portando la squadra alla salvezza e all'undicesimo posto, con un suo record personale di 49 punti. Per il trainer marchigiano si tratta della sua prima annata interamente disputata su una panchina della massima serie. È anche il primo e unico allenatore della gestione Zamparini con più duratura alla guida tecnica.
La stagione successiva sembra iniziare bene, ma dopo le prime due partite, la squadra perde di convinzione e lucidità, riuscendo a conquistare solo cinque punti in dieci giornata. Il 10 novembre, viene sollevato dall'incarico e sostituito da Davide Ballardini.Venne poi richiamato ad allenare la prima squadra con il suo staff il 15 febbraio 2016.L'8 marzo 2016 si dimise da allenatore del Palermo, per delle divergenze tecniche avute con il presidente Maurizio Zamparini.
Udinese
Il 19 maggio dello stesso anno diventa nuovo allenatore dell'Udinese, sostituendo Luigi De Canio e sottoscrivendo un contratto biennale con i friulani.
2 ottobre, a seguito della sconfitta casalinga per 0-3 contro la Lazio, viene esonerato e gli subentra Luigi Delneri.
Sassuolo
Dopo un anno di inattività, il 27 novembre 2017 diventa allenatore del Sassuolo, per prendere il posto dell'esonerato Cristian Bucchi. Con due partite d'anticipo, nel girone di ritorno, conduce la squadra aritmeticamente alla salvezza e, in classifica finale, si piazza in 11ª posizione con 43 punti.
Empoli
Il 6 novembre 2018 viene ufficializzato l'incarico come tecnico dell'Empoli, terz’ultimo in Serie A con 6 punti.
Il 13 marzo 2019 l'Empoli annuncia il suo esonero con la squadra al quart'ultimo posto, avendo collezionato 16 punti in 16 partite, frutto di 4 vittorie, 4 pareggi e 8 sconfitte.